Loại vi rút này có thể đã tiến hóa khoảng 1500-1100 trước Công nguyên. Người ta cho rằng thay đổi khí hậu và các hoạt động nông nghiệp gần thời điểm này có thể là đằng sau sự tiến hóa của nó. [6]

Trong thế kỷ 12, trường hợp bệnh xuất huyết được báo cáo từ hiện nay, Tajikistan có thể là trường hợp đầu tiên được biết đến sốt xuất huyết Crimean-Congo. Trong Chiến tranh Crimea, căn bệnh này được gọi là "cơn sốt Crimea" và bị nhiều người ký mắc phải, trong đó có Florence Nightingale.[7][./Crimean–Congo_hemorrhagic_fever#cite_note-37 [37]]

Năm 1944, các nhà khoa học Liên Xô lần đầu tiên xác định căn bệnh mà họ gọi là sốt xuất huyết Crimea ở Crimea.[8] Họ đã xác định nguyên nhân gây ra bởi virut qua đường truyền virus thông qua các "tình nguyện viên" của con người, mà không báo cáo tỷ lệ tử vong, và lúc đó không thể cô lập được tác nhân[9].   

Tháng 2 năm 1967, các nhà virus học Jack Woodall, David Simpson, Ghislaine Courtois và những người khác đã xuất bản các báo cáo ban đầu về một loại vi-rút mà họ gọi là vi-rút Congo.[5][5] Năm 1956, vi rút Congo lần đầu tiên được cô lập bởi bác sĩ Ghislaine Courtois, trưởng Phòng thí nghiệm Y khoa của tỉnh, Stanleyville, ở Congo Bỉ. Dòng V3010, bị cô lập bởi Courtois, đã được gửi đến Phòng thí nghiệm Vi rút của Quỹ Rockefeller (RFVL) ở thành phố New York và được tìm thấy giống hệt với một dòng khác từ Uganda, nhưng không có virus nào được đặt tên vào thời điểm đó.

Vào tháng 6 năm 1967, nhà virus học Liên Xô Mikhail Chumakov đã đăng ký một mẫu phân lập từ một trường hợp tử vong xảy ra ở Samarkand trong danh mục Các loại vi-rút gây Arthropod. Năm 1969, chủng Chumakov của Nga đã gửi đến RFVL, đã được công bố là giống hệt với vi-rút Congo.[10]